4月14日，臺灣地區候任領導人馬英九接受香港媒體聯訪時，正式宣布“海峽交流基金會”（以下簡稱“海基會”）董事長一職，將由國民黨副主席江丙坤出任。5月20日馬英九就職后，在“陸委會”的授權下，將由海基會負責與大陸海峽兩岸關系協會（以下簡稱“海協會”）協商。
4月14日，江丙坤表示，接下新職責任重大，未來將全力以赴，未來將致力于兩岸經貿正常化，協助馬英九落實發展經濟的選舉政見。
5月7日江丙坤表示，兩岸經貿正常化是未來臺灣海基會的重要工作，他建議優先選擇對臺灣有利，或是對兩岸都有利的項目先行開放，各有利弊的項目最后協商。
5月26日，臺灣海基會舉行臨時董監事會，通過高層人事案。推舉國民黨副主席長江丙坤為新任董事長，補選臺當局前“陸委會副主委”高孔廉為副董事長。江丙坤在致詞表示，“海基會”在兩岸交流中具有無可取代的位置，辜汪會晤也為兩岸發展建立堅實基礎，未來希望能在所有董監事的共同努力下，為兩岸正常化創造更有利條件。談及未來工作內容，江丙坤表示，未來重心將放在經貿往來、文化交流的全面正常化上以及保障臺商權益。江丙坤在董監事會后發布兩項人事，由高孔廉兼任海基會秘書長，及前“立委”龐建國出任海基會副秘書長。
5月26日，臺當局“陸委會”正式授權海基會，就周末客、貨運包機和大陸游客赴臺觀光等3項議題與大陸海協會展開協商。
5月29日，海協會致函海基會，邀請海基會董事長江丙坤、副董事長兼秘書長高孔廉訪問北京，就兩岸周末包機、大陸居民赴臺旅游事宜進行商談。 江丙坤5月29日上午表示接受海協會的邀請。
海基會董事長江丙坤、副董事長兼秘書長高孔廉于6月11日至14日率團訪問北京，大陸海協會和臺灣海基會6月12日正式重啟協商談判，12日上午，海協會會長陳云林與海基會董事長江丙坤在北京釣魚臺國賓館舉行商談。這是兩會領導人10年來的首次會談，標志著中斷近10年的兩會制度化協商正式恢復。
6月13日上午9時，海協會會長陳云林與海基會董事長江丙坤，在北京釣魚臺賓館就兩岸周末包機與大陸居民赴臺旅游事宜簽署協議文本。
10月28日，臺灣海峽交流基金會舉行第六屆董監事第三次臨時聯席會議，會中選舉第七屆董監事名單，董事名額首度增設6名，由過去43席增加為49席。其中“政府代表”增加4席，政黨代表減少1席，社會賢達減少1席，企業捐助實際增加7席。
11月4日下午，海協會會長陳云林與海基會董事長江丙坤在臺北簽署了《海峽兩岸空運協議》《海峽兩岸海運協議》《海峽兩岸郵政協議》和《海峽兩岸食品安全協議》四項協議。這宣告兩岸同胞盼望已久的兩岸直接通航、通郵即將變成現實。
12月2日，臺灣海基會舉行第7屆第一次董監事會，推舉江丙坤續任董事長，高孔廉、臺大陸事務部門副主管傅棟成與金仁寶董事長許勝雄出任副董事長。高孔廉并兼任海基會秘書長。
海峽交流基金會”（簡稱“海基會”）于1990年11月21日成立，1991年3月9日舉行開幕式，正式掛牌運行。辜振甫擔任首任董事長，該會內設秘書處，文化服務處、經貿服務處、法律服務處、旅行服務處及綜合服務處等6個業務單位，主要功能是接受“陸委會”委托，辦理兩岸交流所衍生的各項事務。
“海基會”依章程規定董事會為基金會之決策機構，掌理基金籌募、保管及運用，秘書長任免，工作方針核定，業務計劃及預算審議等事宜。董事會設董事長一人、副董事長一至三人。
